Die Organisation des Controllings (genauer: des Controllerbereichs) umfasst neben einem zentralen Controllingbereich unterschiedliche dezentrale Controllingstellen (dezentrales Controlling). Neben der Zulieferfunktion zum Zentralcontrolling unterstützen sie das dezentrale Management in seinen spezifischen Führungsaufgaben. So besteht der Schwerpunkt des F&E-Controllings in der Bewältigung der erheblichen Unsicherheit (z.B. bei Entscheidung, wann ein Forschungsprojekt abgebrochen werden sollte), während in der Produktion ein tragfähiges Planungsgerüst vorhanden ist. Entsprechend spezifisch sind auch die jeweils genutzten Instrumente und Prozesse. Die Nähe des Bereichscontrollings zum jeweiligen Führungsumfeld darf aber nicht bedeuten, die Gesamtunternehmensperspektive aus dem Blickfeld zu verlieren.