Mitglied im Fachbeirat der Bundesanstalt für Finanzdienstleistungsaufsicht (BAFIN);
Mitglied im Deutschen Rechnungslegungs-Standards-Committee, AG Versicherungen.
Wissenschaftliche Beiratsfunktion in der BVL (Logistik) und dem ICV (Controlling) sowie in der CTcon (Beratung). Schriftleitender Mitherausgeber der Zeitschrift für Controlling und Management (ZfCM).
Ständiger Mitarbeiter der Zeitschrift für Außenwirtschaft in Recht und Praxis (AW-Prax), Wissenschaftlicher Beirat für die Zeitschrift "Spektrum der Steuerwissenschaften und des Außenwirtschaftrechts" (StAW)
Aufsichtsratsvorsitzender der klarmodul eG (Vorsitzender)
Verwaltungsrat Sparkasse Hohenlohekreis
Prof. Dr. Axel v. Werder ist Mitherausgeber der Zeitschrift Organization Science, Leiter des Arbeitskreises Organisation der Schmalenbach-Gesellschaft für Betriebswirtschaft, Leiter des Berlin Center of Corporate Governance (BCCG), Mitglied der Regierungskommission Deutscher Corporate Governance Kodex und Mitglied des Nominierungsausschusses der Deutschen Prüfstelle für Rechnungslegung (bis Ende 2005 als Gründungsvorsitzender).
Fellow des CESifo Research Network; Mitglied der Akademie der Wissenschaft und Literatur, Mainz; Mitglied des Arbeitskreises Finanzwissenschaft beim Bundesfinanzministerium und des Wissenschaftlichen Beirats beim Bundesfamilienministerium; Mitglied der Kommission für gesellschaftliche und soziale Fragen der Deutschen Bischofskonferenz.
Mitglied im Redaktionsbeirat der Zeitschrift für Mietrecht (ZMR), Dozent Hagen Law School (Fachanwaltslehrgang Miet- und Wohnungseigentumsrecht).
Seit der 13. Auflage (1992) des Gabler Wirtschaftslexikons Co-Schriftleiter Recht.
Seit 1988 Gründungsmitglied und Vorsitzender (bis 2003) des "Europäischen Forum für Außenwirtschaft, Verbrauchsteuern und Zoll e.V." - EFA. Seit 1990 Berater des BMF in verschiedenen Arbeitsgruppen. Seit 1994 stv. Schriftleiter der Zeitschrift „Außenwirtschaftliche Praxis“ - AW-Prax und verantwortlich für die Redaktion Zollrecht. Seit 1998 wissenschaftlicher Beirat des „Zentrum für Außenwirtschaftsrecht e.V." - ZAR. Seit 2003 wissenschaftlicher Beirat des EFA.
Präsident der Industrie- und Handelskammer Nürnberg für Mittelfranken, Vorsitzender des Aufsichtsrates der BU Holding AG & Co. KG Nürnberg, Mitglied des Aufsichtsrates der ERGO Versicherungsgruppe AG Düsseldorf.